新中国成立以来，党和政府十分重视发展水利事业，水利建设取得了辉煌的成就，初步形成了防洪、排涝、灌溉、发电等多功能的水利体系。然而长期以来，由于资金投入不足，“重建轻管”的问题仍然存在，使得水利工程运行耗费得不到应有的补偿。

　　据统计，1950—1996年全国水利财政支出约2826.21亿元，占同期国家财政总支出的3.93%(同期农民投劳折资也大致相当于国家财政对水利的投入)，其中用于水利工程公益性耗费补偿的资金约400亿元，占水利财政总支出的20%。至1997年底全国水利职工176万人，水利工程管理单位1.1万个，水利工程固定资产为2712亿元，原值1918.23亿元，用于公益服务的资产为928.24亿元，占资产总额的48%。水利固定资产年末应提折旧57.55亿元，实提35.05亿元，应提未提折旧25.5亿元，应提未提修理费34.19亿元，水利管理单位总收入116.15亿元，总支出133.8亿元，加上应提折旧及修理费56.69亿元，合计支出应为190.49亿元，总亏损74.34亿元。其中由于公益性耗费造成的亏损为60.23亿元，占水管单位亏损总额的81.02%，使公益性水利工程以年6.5%的老化率在递增。

　　水利工程设施老化失修、带病运行、效益衰减，工程遗留问题很多，五六十年代的工程均已接近或超过退役期，8.5万座水库中有1/3带病运行，灌区的设计灌溉面积7.6亿亩，而实际有效灌溉面积仅为5.3亿亩，占70%。灌区设施基本完好的仅占30%，需报废的占10%，每年减少灌溉面积达300多万亩。大江大河堤防防洪标准普遍偏低。流域防洪基础薄弱，城市防洪问题很多，很难抵御较大自然灾害的侵袭。例如1991年江淮洪灾造成直接经济损失1215亿元，当年我国财政总收入为3582.81亿元，财政赤字211.06亿元，财政赤字仅为灾害损失的1/6，也就是说只要能减灾1/6就能抵补当年的财政赤字。1994年是我国受洪涝、干旱、高温酷暑与热带气旋严重袭击的一年，直接经济损失高达1800亿元，占当年国民经济总收入的4%;1998年我国遭受特大洪涝灾害，仅湘、鄂、赣三省受淹面积达1586万亩，造成直接经济损失就高达3000亿元。然而面对这些灾害，如果注重投入和给这些已造成的公益性工程耗费以合理的补偿，所受损失将会少得多。例如1985年辽河大水后，辽宁省投资1亿元做了一些土石方工程，1986年辽河过流量达到2700立方米每秒(超过1985年700多立方米每秒)而未成灾，其防洪效益高达13.27亿元，投入产出比高达1:13。

　　虽然，水利投入产出比如此之高，但在现实的水利环境中，要形成良性的公益性耗费补偿机制仍然存在很多难点。

　　1.国家财政长期包揽过多，未能注意将应该由市场和社会负担的部分从财政中分离出去，弱化了代表社会共同利益和长远利益的如水利基础设施等的公共支出。

　　2.地方财政基本上是吃饭财政，面对越来越大的公共支出没有匹配公共收入作支撑，对水利公益性耗费未能采取及时足额补偿的政策，使公益性水利设施明显老化。

　　3.水管单位财会制度存在明显的薄弱环节，应该由社会投资的经营性水利项目得不到正常的利润分配，使投资者望而却步，加重了政府财政的隐性负担。

　　4.水利部门给水利公益性耗费补偿“设计”了一条弯路。70年代的“安全、效益、综合经营”想用综合经营来补公益性耗费。事实证明，综合经营绝不能成为水利经济的主体，就全国而言水利对综合经营的投资远远大于其向水利反哺的资金。80年代“两大支柱一把钥匙”，把水利工程供水推向市场，忽视了我国农民的承受能力还比较弱，一时不能按市场法则运行的问题，同时受到地方政府的制约，未能达到增加水管单位收入的目标。90年代初的“基础产业”理论试图使公益性行为功能有偿化，鼓励地方出台各种收费政策，进而想使水管单位完全产业化，甚至想使水管单位完全变成企业(应当注意目前各地水利收费的费种名目颇多，就河道而言，如一些地方出台的通行于堤顶闸桥机动车辆压堤费、过闸过桥费，在河道管理范围内建设的审查费、占滩费、防洪抵押金、河道工程建设监督费、占用河道土地补偿费、河道通航维护费、工程占压费、水域使用费、水域有偿使用管理费等等)，往往政出多门，收效不大。不少政策在不规范状态下运作。因此，“水利从整体上讲不是一个产业部门”，“整个水利不可能实现产业化”。